La historia de Kanon, ambientada en medio del invierno, se refiere a un grupo de cinco chicas que están conectadas con el mismo chico. Yuichi Aizawa, el protagonista principal, había visitado la ciudad donde se desarrolla la historia siete años antes del comienzo de la historia.
Al principio, Yuichi está muy separado de la ciudad y sus habitantes. Antes de su regreso, se decide que debe quedarse con su prima, Nayuki Minase, y su madre, Akiko. Después de su larga ausencia, Yuichi ha olvidado casi todo, excepto pequeños detalles de lo que sucedió siete años antes y necesita que le recuerden lo que dejó atrás.
El día después del regreso de Yuichi, sale con Nayuki, quien le muestra la ciudad. Nayuki recuerda que tiene que comprar cosas para la cena y Yuichi se resiste a ir con ella, argumentando que podría perderse. Momentos después de que Nayuki lo dejara esperando en la acera, una chica extraña llamada Ayu Tsukimiya irrumpe en él con poca advertencia. Al recuperarse, ella lo arrastra a un café cercano y confiesa haber robado inadvertidamente una bolsa llena de taiyaki después de que el vendedor la ahuyentara accidentalmente antes de que tuviera la oportunidad de pagar. Yuichi luego arrastra a Ayu de regreso al vendedor, ambos se disculpan por el problema y Ayu es perdonada. Deciden reunirse de nuevo otro día y Ayu se marcha.
Yuichi no se da cuenta al principio, pero otras tres chicas que había olvidado están familiarizadas con él. A lo largo de la historia, mientras aprende sobre los matices sobrenaturales de la ciudad, Yuichi recuerda a cada niña y los eventos de hace siete años en la ciudad cubierta de nieve.
